科学家们对遗传物质的结构和序列及其与蛋白质的相互作用进行了广泛的研究，以期了解我们的遗传和环境如何在疾病中相互作用。这项研究部分集中在“表观遗传标记”上，即DNA、RNA和相关蛋白质(称为组蛋白)的化学修饰。

表观遗传标记影响基因何时以及如何开启或关闭。它们还可以指导细胞如何解释和使用遗传信息，影响各种细胞过程。因此，表观遗传标记的变化显著影响基因调控和细胞功能，这意味着它们可能导致疾病。通过研究表观遗传标记，研究人员可以阐明它们在健康和疾病中的作用，并有可能发现新的治疗途径。

虽然研究人员可以识别和比较表观遗传标记，但了解特定修饰与基因如何工作之间的相关性仍然具有挑战性。为了帮助克服这个问题，Dan Ohtan Wang博士和Kandarp Joshi博士发明了一种名为epidecodeR的新工具。这个用户友好的工具发表在《Briefings in Bioinformatics》上，它使生物学家能够快速检查一种修饰是否会影响基因在特定情况下的反应。“如果发现正相关，这可能会激励科学家证实这些发现，帮助他们了解这些基因修饰在各种疾病中的作用，包括癌症和神经系统疾病。”细胞-材料综合科学研究所(iCeMS)的Kandarp Joshi博士研究员说。

研究小组使用统计方法根据基因的修改数量对基因组进行分类。他们表明，EpidecodeR可以预测特定修饰的作用，例如改变某些蛋白质或使用药物，以及这些修饰如何影响基因活性。

“我们使用epidecodeR成功地预测了一种叫做组蛋白去乙酰化酶的蛋白质是如何影响基因活性的，”领导这项研究的iCeMS客座教授Wang说。“我们还发现epidecodeR在识别可以阻断另一种称为RNA去甲基酶的蛋白质的物质方面是有效的，我们探索了组蛋白的变化如何与药物滥用有关。”

研究人员计划进行进一步的研究，以提高epidecodeR的准确性和特异性。Joshi说:“我们想要包括更多关于基因在哪里、如何以及有多少修饰发生的细节。随着数据变得越来越复杂，我们也致力于为用户提供各种统计测试，以增强工具的功能。”


（文章来源：www.ebiotrade.com/newsf/2024-3）